Tai Lepšynės, Pamūšių, Pyvesos, Grūžių draustiniai ir Mūšos slėnis žemiau Raudonpamūšio bei Raubonių apylinkės.
Retų paukščių aptikta Žaliojoje girioje, Moliūnų, Žadeikių, Jakūbonių miškuose, Pajiešmenių ir Joniškėlio molio karjeruose.
Tai 5 rūšių šikšnosparniai, ūdra ir baltasis kiškis. Pasvalio krašte gyvena ir retų rūšių pelėnai bei miegapelė.
Rajono teritorijoje gyvena saugomos 7 rūšys žinduolių, 29 rūšys paukščių, 2 rūšys varliagyvių, 1 vabzdys.
Kubiliūnų miške rasta retų piengrybių jautakių, Baltpamūšio, Medomiškio miškuose paprastasis kardelis.
Drėgnose Pyvesos pakrančių pievose, Žaliojoje girioje, Moliūnų miške randama nemažai saugomų augalų.
Miške rastas vienas iš didžiausių Lietuvoje augančių grybų – šakotasis sėdis, taip pat retas paprastasis kardelis.
Joniškėlio apylinkėse auga daug į Raudonąją knygą įrašytų augalų. Viena iš jų miškuose randama baltijinė gegūnė.
Žaliosios girios dalis yra pietinėje rajono dalyje, ten ir Moliūnų miškas, Jakūbonių miškas Pušaloto apylinkėse.
